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单克隆抗体是由单一B淋巴细胞克隆产生的高度均一且只特异性识别并结合某一抗原的免疫球蛋白，其与普通的抗体一样都由两条较短、分子质量较小的轻链（L链）和两条较长、分子质量较大的重链（H链）组成。L链和H链都包含氨基酸序列变化较大的可变区（V区）和氨基酸序列相对稳定的恒定区（C区）。在V区内存在一些氨基酸序列十分容易发生变异的区域，称之为高变区（HVR）或抗原互补决定区（CDR），CDR是整个抗体的核心序列，也是抗体发挥生物学功能的基础，它决定了该抗体结合相应抗原的特异性，因此，对其进行序列分析具有十分重要的意义。

目前常用的单克隆抗体CDR区域序列分析方法包括质谱法和基于PCR扩增等的方法。质谱法利用质谱仪检测多重酶切后得到的肽段，先确定每个肽段分子的氨基酸序列，再通过序列拼接得到整个CDR区域的氨基酸序列。基于PCR扩增的测序方法则是通过测定编码单克隆抗体CDR区域的DNA序列间接实现的，其操作过程比较复杂，需要提取杂交瘤细胞的总mRNA进行反转录得到cDNA，再设计CDR序列的兼并引物进行PCR扩增得到编码CDR序列的DNA序列，最后再进行DNA序列的分析。